MES系统选择关键技术的发展已经越来越成熟。开发MES系统技术不是问题。困难在于如何确定系统的功能和规格，如何成功使用MES系统以及充分发挥MES的作用。
MES系统选择的难点
工厂本身尚未建立完整的系统，人员流动率高，组织变革迅速。通常，规格是确定并完成的，但是由于负责人的变动，规格也会相应地发生变化。
MES系统才刚刚开始，制造业缺乏成功的经验，缺乏正确的概念和理解，并且缺乏实施它的信心和决心。
大多数工厂都采用小批量，多订单的生产模式，并且生产场所是细分的。经常会有例外，并且在运营中很难合作。
为了实现实时，准确的监视和管理功能，需要现场操作人员的全面配合。操作员通常忙于生产，因此他们很难准确输入相关数据。但是，MIS或MRP系统大多是在线批处理操作，因此该系统在执行方面更加灵活。
作为MES应用现场第一线的管理者无明显的好处，反而会因工作透明化使其感到权力被剥夺。
通常人们已习惯于作手工记录，不习惯无纸化作业。如果工厂人员拒绝引入MES和拒绝对自动化系统作相应的改造，或者如果企业领导层不理解，不支持工厂的改造方案，再好的应用也将会以失败告终。
与一般的数据处理应用系统相比，MES更注重数据的实时数据收集、监督及控制，技术难度较高，只有具有专业计算机系统技术经验的人才能胜任。对于用户来说，该系统包含现场实时操作的软硬件，维护难度大。
实施MES系统选型的对策
针对以上问题，要能顺利地推行MES系统须注意以下几点：
1、上级决心与关注。这是任何计算机系统成功推行最为重要的一点，尤其是MES涉及的组层面较为广泛，上级除了要有做的决心，更要给予更加实际的关注，让有关人员感受到其对MES的重视，上行下效才能保证取得成功。
2、完善的教育和培训。以上提到的许多问题，如现场人员缺乏正确的观念，缺乏信心，排斥心理，需要很好的沟通，让他们了解MES的重要性，如何使用MES成为有效的管理工具。
3、由浅而深，由线到面。MES涵盖面很广，先找到切入点，力争取得立竿见影的示范效果，因使用成功是最好的教育推广方式。
4、简化现场资料输入过程。在系统设计中，有必要尽可能简化现场数据输入步骤，并能立即处理，响应输入者正确与否的信息，弹性配合现场作业的变异，可以方便地将实际生产情况输入实时系统，保证完全正确。
5、系统稳定性和容错能力。当系统功能包含现场过程监控时，用户对系统的依赖程度越高，对系统的稳定性和容错性要求就越高。此外，MES在不同行业的应用差异较大，不同行业的MES结构，应该直接以解决每种制造环境的基本和本质的问题为主攻方向。
6、相关作业配合。例如，条形码卷标、表格的设计印刷，以及与MRP系统的整合等，均需要给予考虑。
7、贯彻执行力度。为了有效地应对MES实施过程往往有变动较大的情况，需要把一种专门的改变管理机制和指导委员会纳入企业的组织之中，建立有效的管理改变机制，要求各级部门确实将此系统作为管理作业上的重要工具，彼此互相督促、施予正面的压力。MES指导委员会应进行全面的决策和在规范的基础上使改变活动得到优先处理。
8、MES系统维护。MES是一种针对工厂的动态IT解决方案，由于产品、流程和新旧产品的产量比例的变化而不断改变由过程要求和具体事务的负荷导出数据模型，当流程或产品发生更改时，也必须相应地“迁移”数据模型，这包括报表结构和数据关系的规范化，以及增加数据负荷。如果用户在老模型上附加表格，过程的性能将会很快变坏，致使生产线运转速度减慢，于是形成了MES应用的瓶颈。一般而言，在5年的实施期内，MES应用软件30%~50%会发生变化，且MES系统有半数跨多个系统的网络和设备接口需要维护。因此，公司必须聘请或培养具有过程控制、IT和管理业务系统工作知识背景和工作经历的制造业IT专家。
9、正确把握实施MES症结所在。企业开始实施MES系统选型时，最艰巨的任务是首先要识别出效率最差的流程。一般来说，工厂人员仅以一种定性而又带有一定主观判断的方式了解生产瓶颈和造成浪费的环节，减少充分的数据给予验证。为了证明MES项目的可行性和确定投资回报周期，必须对制造过程作定性分析和评估。
以上就是MES系统选型实施的困难与对策，希望能对企业的MES发展有所帮助。
